在其他人已經(jīng)學(xué)成回國后，李鴻章再次指派段祺瑞前往克虜伯兵工廠實(shí)習(xí)，以熟悉并學(xué)習(xí)世界最先進(jìn)火炮的制造和使用技術(shù)。直到1890年底，25歲的段祺瑞才返回國內(nèi)，在進(jìn)入北洋軍械局不久，又調(diào)入威海隨營學(xué)堂充當(dāng)教習(xí)。可惜的是，當(dāng)時(shí)的清軍對(duì)這些軍校畢業(yè)生不甚重視，他們中的大多數(shù)人都是被委以教習(xí)之類的閑職，而沒能進(jìn)入軍營中做帶兵官。當(dāng)時(shí)的軍界風(fēng)氣，那些行伍出身的舊派軍官大都看不起軍校畢業(yè)生，他們認(rèn)為這些娃娃兵沒有實(shí)際作戰(zhàn)經(jīng)驗(yàn)，不能委以重任，即便段祺瑞這樣留洋回來的優(yōu)秀軍官，也屢屢遭到這些舊軍官的排擠。

　　直到袁世凱的“小站練兵”后，那些軍校畢業(yè)生才開始得到重用。當(dāng)時(shí)袁世凱請(qǐng)當(dāng)時(shí)任天津武備學(xué)堂總辦的蔭昌推薦人才，蔭昌很自然的便想到了段祺瑞，并將他推薦到袁世凱的門下。袁世凱的新建陸軍是一支擁有步兵、騎兵、炮兵、工程兵等多兵種的新式部隊(duì)，其中炮兵就有近2000人，段祺瑞隨后被委任為炮隊(duì)統(tǒng)帶，并得到袁世凱的極大重視。當(dāng)時(shí)段祺瑞帶的這支炮隊(duì)有速射炮、重炮等60門，戰(zhàn)馬近500匹，這也是中國近代歷史上第一支正規(guī)化的炮兵部隊(duì)，段祺瑞也可以說的中國第一任炮兵司令。

　　隨著袁世凱的不斷升遷，段祺瑞也跟著沾光，陸續(xù)做到了北洋六鎮(zhèn)的統(tǒng)制之職。在清朝覆滅后，段祺瑞做過幾任陸軍總長，后來因?yàn)榉磳?duì)袁世凱稱帝而隱居西山。袁世凱死前，命人將段祺瑞找來并將國事托付給他，段祺瑞也由此做上了民國的內(nèi)閣總理，成為當(dāng)時(shí)最重要的政治人物。

　　段祺瑞的為人一向古板嚴(yán)肅，不茍言笑，給人的印象是不太好打交道。他平時(shí)的生活也是很有規(guī)律，一年三百六十五天基本沒有什么變化。一般情況下，他都是在家吃早飯，隨后上書房看公事；看完公事后去衙門，中午再回來吃飯。