黃鐘瑛原名良鏗，又名鎏，字贊候。祖籍長樂，清同治八年九月二十日(1869.10.24)生于閩縣南關外茶亭街巷口鋪(今福州市臺江區)。宋代大儒黃斡的二十三代孫。父黃河澄，同治元年(1862)受閩浙總督左宗棠舉存籌辦鄉團練，保獎五品同知銜。母李氏，生六男二女，黃鐘瑛為第五子。

黃鐘瑛早年進馬尾船政后學堂和劉公島槍炮學堂學習，光緒八年(1882)考入船政后學堂第十一屆駕駛班畢業生。同班畢業的有陳鏡瀾、黃以云、林靖瀾、林秉成、周敬熔、孫筠、張海鰲、周兆瑞、卓大賓、蔡馨書。

民國8年(1919)編《青山黃氏世譜》第三卷《民國海軍上將贊侯公國史館本傳》一則，記載黃鐘瑛曾參加甲午首役牙山海戰。當時他在濟遠艦當航海員，危難之際，出謀劃策協助艦長方伯謙轉敗為勝，并受到清廷的嘉獎。據記載：“……濟遠奉命率‘成遠’‘廣乙’二艦護運赴牙山，歸途遇敵。時鐘瑛‘濟遠’一艦員耳，深知艦隊創始遠遜敵軍，非智取無以制勝。歷說當事者不能用。既而‘濟遠’中炮，臺前積尸滿，時‘威遠’‘廣乙’二艦被敵散扼于他港，不能成隊。鐘瑛益怒奮，竟佐艦長回擊敵艦，浪速，傷之，旋又擊中敵艦‘吉野’，

殲其首要及員弁以下死無算，以孤軍無援不窮追。而鐘瑛奮勵之氣，益思有以自告，后敵人猶以‘濟遠’能戰相戒警備云……”

這段史料記述了黃鐘瑛協助艦長方伯謙回擊敵艦的經過。豐島海戰，雙方實力懸殊，我方在無準備的情況下，以一艦抵三艦。鐘瑛在危難之際，方寸不亂，足智多謀，認為死拼萬不可，非智取無以制勝，佐艦長方伯謙以戰術誘敵制勝。

“牙山海戰”后，朝廷通電嘉獎。電文如下：“……管駕‘濟遠’之方伯謙于牙山接仗時麈戰甚久．炮傷敵船尚屬得力，著李鴻章傳旨嘉獎……”

光緒二十五年(1899)，黃鐘瑛調任“飛鷹”艦、“福靖”艦槍炮員。二十八年起，歷任“海琛”“海天”、“海籌”各艦船械、駕駛、幫帶。三十年，升為“飛鷹”艦管帶。三十三年，任“鏡清”艦管帶兼海軍部參謀。

宣統三年(1911)九月，改任“海籌”艦管帶。武昌起義后，清軍大舉南下，進攻湖北革命軍。海軍提督薩鎮冰奉命率長江艦隊集結武漢江面，見軍心傾向革命，遂帶領“海客”、“海琛”、“海籌”等巡洋艦下駛上海，中途以治病為名離隊，囑由黃鐘瑛任艦長的“海籌”艦升隊長旗。黃鐘瑛審時度勢，率艦隊駛至九江。黃鐘瑛激勵士卒，效忠革命．眾皆感奮，遂豎白旗，同行各艦亦相率反正。鐘瑛率艦隊起義，與九江陸軍義軍組織陸海軍聯合委員會。