理學即程顥、程頤的道學。“二程”傳楊時，楊時傳李侗，李侗再傳朱熹。朱熹系統整理為“理一元論”，所以稱“朱子理學”。朱熹身體力行，積極從事理學的學術研究和講學活動。他和他的學生在福州地區曾辦過許多的理學書院。有案可稽的有：福州紫陽講堂、福州東野竹林書院、福州賢場書院、福州高峰書院、福州濂江書院、福州龍津書院、長樂龍峰書院、羅源文公書院、閩縣吟翠書院、連江丹陽書院、閩清梅溪書院等。

福州紫陽講堂在今晉安區王莊街道的紫陽村大橋自然村。朱熹曾稱“紫陽先生”，為紀念朱熹在該地辦學，稱該地為“紫陽”。紫陽村現在保留一座古建筑，稱“講堂勝境”，地名“講堂前”。據說是宋代朱熹講學的地方，規模不大。黃榦生于離學堂不遠的浦下村，乾道二年（1166年）父歿，黃榦14歲，經劉清之介紹，受業于朱熹門下。后朱熹遂以其女朱兌妻榦。淳熙十年（1183）年，朱熹到福州，受趙汝愚禮遇后，特地到浦下黃榦家里見他的女兒，寫了著名的《蔥湯麥飯》詩：“蔥湯麥飯兩相宜，蔥補丹田麥療饑。莫謂此中滋味薄，前村還有未炊時。”附近鶴林村有“鳳丘”、“鶴林”的朱熹題刻。

福州東野竹林書院在今晉安區的竹嶼村，為黃榦所建，原稱“竹林精舍”，后改為書院，可能是為區別建陽朱熹“竹林書院”的緣故，特稱“東野竹林書院”，有朱熹題額。王鐵藩先生說，南宋時期理學家朱熹在此講學。也有人說為朱熹所創辦。

福州賢場書院在今晉安區北峰嶺頭鄉的前洋村。“前洋”是“賢場”的諧音而來。朱熹在北峰有詩《題蓮花峰》兩首：“群峰相接連，斷處秋云起。云起山更深，咫尺愁千里。”“流云繞空山，絕壁上蒼翠。應有采芝人，相期煙雨外。”

福州高峰書院在今晉安區北峰嶺頭鄉石牌村，為朱熹門人黃榦創辦，時間在“慶元黨禁”后，黃榦“丁母憂，學者從之講學于墓廬甚”。江南竹庖羲谷墓地，據說是朱熹親自為其定穴的。當時“黨禁”嚴重，黃榦避跡于山村守墓，因此辦高峰書院。后書院圮，近年已重建，在原址發現許多宋代遺物。

福州濂江書院在今倉山區林浦村，有朱熹題“文明氣象”。附近城門有朱熹題刻《巖屏》詩，詩曰：“青碧晉奇勝，登高四望平。天光籠霧障，佳氣列云屏。結屋寧樓鶴，紋苔卻照螢。藏書多樂事，奕葉踵芳聲。”城山鄭湜為朱熹的摯友。朱熹曾避跡其家中。