陽岐尚書祖廟位于福州市倉山區蓋山鎮陽岐村鳳鳴山南面，為海峽兩岸眾多祭祀民族英雄陳文龍尚書廟的祖廟。

陳文龍(1232-1277)，南宋末年名臣、儒將，是與文天祥齊名的抗元民族英雄。原籍莆田，長樂文嶺后山人，南宋咸淳四年（1268年）狀元，曾官居參知政事（相當于副宰相）等職。他居官廉正，剛正不阿，關心民瘼。在南宋末年國家即將覆亡之際，與文天祥等竭力拯救危亡，最后固守興化城，兵敗被俘。被元軍押送北上，途經臨安（今杭州）絕食而死，葬于杭州西湖邊北山葛嶺南坡，詔謚忠肅，后人把他與同葬于西湖的岳飛、于謙，合稱“西湖三忠肅”。他的母親、女兒、弟弟、弟媳、族叔等也為抗元斗爭先后殉難，滿門忠烈，義薄云天。陳文龍后被尊為神靈，敕封為水部尚書、鎮海王等，成為民眾心目中的“水上保護神”。

明洪武元年（1368年），明太祖朱元璋命中書省派員到全國各地訪求應祀神祇。“凡有功于國家及惠愛在民者著于祀典，令有司歲時致祭”。在定各地城隍廟祀典的名單中，有廬陵的文天祥、福州的陳文龍等。陽岐尚書祖廟就是在這時期始建的。當時，因閩江南港烏龍江峽兜江面風濤險惡，經常發生覆舟事故，來往閩南、福州的客商行旅多改從南岸西行到陰岐（今閩侯新岐）后渡到北岸的陽岐，陽岐成為南北交通要道，碼頭上帆檣云集，多莆仙一帶的商旅，史稱此碼頭為“化船道”或“興化道”。為紀念莆田籍抗元英烈陳文龍，祈佑生意興隆，平安往返，客商們就在興化道建一小廟宇，奉祀陳文龍和同為莆田籍的媽祖娘娘。這就是陳文龍尚書廟在福州的最早起源，以后從此分爐出三四十座尚書廟，連綿不斷分布在海峽兩岸沿江沿海，成為維系閩臺民眾之間同胞情誼的重要神緣。

明天啟七年（1627年），為避免閩江洪水泛濫殃及廟宇，鄉人將原建在興化道的小廟宇移至陽岐村鳳鳴山之陽今址新建。廟建成后，幾毀風災火患和人為災禍，多次重修。今廟門前大埕兩邊碑亭里豎立的記載各次重修情況的諸多石碑，就是該廟興衰歷史的見證。

如今的尚書廟基本框架為我國近代著名思想家、陽岐人嚴復奠定。1919年元月，嚴復親撰《重建尚書祖廟募緣啟事》，并成立董事會，主持重修工程。他親自勸募，福建督軍李厚基、省長薩鎮冰、前清福州知府葉大莊和福州紳商以及分布在各地的門生故舊等都踴躍捐款，得款10多萬銀元。1920年元月動工，翌年夏主體工程基本落成。重修后的廟宇面積3805平方米，四面圍有青灰色磚高墻，規模宏大，氣勢恢弘。總體布局為正面三殿堂并列，前后四進，并配有回廊、廂房及拜亭等，構成一座龐的建筑群落。中為尚書府并尊王府，并祀水部尚書陳文龍和守土尊王；左為毓麟宮，祀臨水陳太后，宮后為鳳鳴寺和觀音閣；右為忠肅祠，俗稱行樂廳，單祀陳文龍，陳列有狀元船，體現水上保護神特征。該廟集中了福州一批能工巧匠建造，如石制品就出自名匠蔣源成之手，造型大方，設計精巧，精雕細琢，建筑技藝堪稱一流；廟宇重檐疊宇，雕梁畫棟，具有典型的清代建筑藝術風格。