孫翼謀原名孫亦謀，字谷廷，侯官縣文儒坊人。道光二十年（1840年）考中舉人，后改名孫翼謀，后屢考進士不第，12年后，即考中咸豐二年（1852）恩科進士，入翰林院庶常館當庶吉士，又改講官，因丁憂歸鄉。后補御史，遇事敢于站出來說話，曾上《籌國家大局》一疏，字里行間流露出憂國憂民之心，同治皇帝閱后，大為感動，因此聲名遠播。

不久，孫翼謀出任安徽寧國府知府。寧國府經太平天國與清軍作戰后，鄉村破敗，滿目瘡痍。孫翼謀招集流亡農民回鄉耕種，生產逐步起色。改調安徽安慶知府，不久升兩淮鹽運司，轉浙江按察使。第二年，升湖南布政使，并代理按察使職務。

孫翼謀是一名好官，在各地當官都留下了好名聲。在安徽省為官近二十年，政績很多，特別善于判案。每審判一名囚犯，都虛心體察，不搞刑、逼、供，因而他手上從來沒有冤案。比如，有龍圖團五鼎和油坊槍殺六命案，案犯都已誣服了，但孫翼謀經過認真審理，發現破綻，將已定的這樁六命案平反了，人們都稱他判案如神。所以，孫翼謀很受總督左宗棠的器重。孫翼謀病逝于湖南布政使任上，史載：“喪還之日，民赴送者塞于路?！笨梢娝钍馨傩盏膼鄞?。