平潭殼丘頭遺址于1958年被發現，1984年定名為“南壟新石器時代遺址”，1989年1月更名為“殼丘山遺址”，再經著名考古學家安志敏考察后，正式定名為“殼丘頭文化”。閩侯曇石山遺址于1954年調查發現，其后從1959年至2004年先后進行了九次面積不等的考古發掘，確定的自早而晚的一期(下層)、二期(中層)、三期(上層下)、四期(上層上)的四個文化層的過程，眾多的遺跡和遺物反映了該遺址具有豐富的文化內涵和鮮明的地域海洋性文化特色，正式定名為“曇石山文化”。

“殼丘頭文化”和“曇石山文化”區域特征明顯，文化傳承清晰，反映了距今6500年至4300年間福建先民從新石器進入青銅時代的歷史進程。但是，作為文物小省，殼丘頭和曇石山文化尚不能與半坡、良渚、河姆渡、紅山等文化遺址等量齊觀，直到著名華裔學者張光直教授介入之后，確認這兩個文化遺址與臺灣史前文化的關系，并很有可能是南島語族的源頭。此后，福建沿海的史前文化與太平洋地區史前文化的關系引起國際學術界的高度關注，“殼丘頭文化”和“曇石山文化”的重要性逐漸凸顯，這對于探索海峽兩岸人文血脈關系、人類向海洋的拓展、遠古航海技術的起源等等，有著極深遠的歷史意義和現實意義，在中國史前史研究中成為顯學。

1964－1965年，在當時執教于美國耶魯大學的張光直先生的主持下，臺灣大學考古人類學系與耶魯大學人類學系聯合對臺北的大坌坑、圓山和高雄的鳳鼻頭等遺址進行了考古發掘。這一研究首次確立了距今6500－2000年臺灣新石器時代文化的發展序列，即：粗繩紋陶文化（大坌坑文化）－ 細繩紋陶文化（圓山文化，鳳鼻頭文化或牛稠子文化）。

距今6000年左右“大坌坑文化”的突然出現，標志著臺灣的史前文化發生重大變化，表現在陶器的出現、磨制石錛、石鏃和網墜的制作。考古學界一致認為, “大坌坑文化”與此前臺灣發現的“長濱文化”（舊石器時代）差異巨大, 二者之間沒有傳承關系。由于在“大坌坑文化”之后發展出的區域文化是后來臺灣原住民文化的基礎，所以目前學術界一般認為，“大坌坑文化”是臺灣目前已知的南島語族最早的祖先文化。